Я тоже использую ZendAMF. Я заметил, что в случае сбоя одного вызова он вызовет сообщение об ошибке для любых других пакетных вызовов (для этого можно использовать токены Async).
Я бы попытался посылать каждый звонок по одному и выяснять, какой из них выходит из строя, если он есть. Лично я использую программное обеспечение под названием Charles и HTTPProxy, которое позволяет мне видеть содержимое и сообщения об ошибках любых выполняемых мной вызовов AMF. Вы также можете использовать wireshark, в любом случае вы сможете увидеть точный отправленный запрос и любые сообщения об ошибках, которые выдает ваш бэкэнд.
Используете ли вы какие-либо транзакции в своем коде (например, Doctrine), иногда код будет проходить тестирование и правильно записываться, но задыхается, когда транзакция закрывается, и в итоге выдает ошибку.