Есть идеи, как мне установить объект Map в org.apache.hadoop.conf.Configuration?
Сериализуйте вашу карту в JSON, а затем поместите ее в виде строки в вашей конфигурации. Невозможно поместить в него целый объект, потому что вся конфигурация будет записана в виде файла XML.
GSON довольно хорош в этом: http://code.google.com/p/google-gson/ Вот руководство по сериализации коллекций: http://sites.google.com/site/gson/gson-user-guide#TOC-Collections-Examples