Я бы попробовал несколько разных вещей с этим.
Что касается, в частности, файла Web.config, вы можете захотеть использовать локальные файлы конфигурации для переопределений, а не оставлять локальные изменения незафиксированными.(например, ссылка на отдельный файл, который находится в .hgignore).Проекты, над которыми я работал в прошлом, делали это, чтобы отделить конфигурации test / prod от настроек для разработки или наоборот.
Я не думаю, что есть какое-либо расширение, которое сделает это для вас,но вам может быть лучше написать быстрый пакетный сценарий или скрипт powershell, чтобы сделать этот рабочий процесс для вас.В предыдущих проектах у меня был скрипт, который делал бы что-то похожее в том смысле, что он делал бы тягу / обновление / ребазирование, чтобы держать мои изменения в курсе (я работал с hg против сервера SVN, который сделал это важным.)
Я знаю, что не ответил на ваш вопрос напрямую, но надеюсь, это поможет!