Как сказал @a_horse_with_no_name, "откройте командную строку и запустите java -jar your.jar".Если это работает, вы должны отобразить расширение * .jar на программу с именем "java".Вот как работают окна.Тот же механизм работает, когда двойной щелчок по файлу * .txt запускает Блокнот.
Поскольку я сейчас нахожусь на Linux, я не могу рассказать вам, как сопоставить расширение программе, но оно находится где-то в меню проводника.