Краткий ответ: Нет, у вас не будет сущности в базе данных.
Более длинный ответ: hibernate достаточно умен, чтобы не отправлять вставку / обновления в БД, пока не узнает, будет ли транзакция зафиксирована или откатана (хотя это поведение можно изменить, установив другой FlushMode), в вашем случае вызывая flush, вы заставляете SQL отправляться в БД, но у вас все еще есть транзакция БД, чтобы защитить вас, когда вы вызываете откат, транзакция БД будет откатываться, удаляя изменения, выполненные внутри себя, и, следовательно, ничего не будет фактически сохранено. Обратите внимание, что в зависимости от настроенного уровня изоляции транзакции, возможно, другие транзакции каким-то образом смогут увидеть EntityA, который вы сохранили в течение короткого промежутка времени между сохранением и откатом.
Также обратите внимание, что flush вызывается автоматически при попытке чтения из БД, в 99% случаев вызывать его явно не нужно. Единственное исключение, которое приходит на ум, - это модульное тестирование с автоматическим откатом.