Не могу представить, что это можно сделать с помощью самого Apache, кроме как установить maxclients равным 1 и разрешить только один серверный поток.
Мой подход к этой проблеме будет базой данных или файлом, в котором PHP хранит информацию о том, была ли она выполнена с другого клиента или нет. Если это так, вы можете подождать или отправить клиенту сообщение об ошибке.