Я задал тот же вопрос в списке рассылки m2e-users и получил следующий ответ ( link для тех, кому нужна полная тема):
По сути, необходимо вручную настроить (например, с помощью вышеупомянутого учебного пособия по спящему режиму) затмение, чтобы использовать генератор и настроить те же каталоги, которые использует maven (для меня это был target / generate-sources / annotations) в качестве выходного каталога.
Согласно коммиттерам m2e, проект в настоящее время не изменяет эти файлы затмений, и поэтому они не будут перезаписаны.
Проблема, с которой я столкнулся, заключалась в том, что эта информация теряется (и поэтому снова требуется ручное изменение) при использовании GIT и переключении между ветвями, поскольку я не хочу фиксировать файлы, связанные с затмением, в SCM.
В настоящее время это приемлемое решение, и я надеюсь, что m2e сможет добавить эту недостающую функцию.
Обновление
Информация, которая теряется, по крайней мере, согласно моему опыту, является определением папки target/generated-sources/annotations
как исходной папки. Просто как к сведению.