Файл, к которому вы обращаетесь для создания файла, возможно, имеет расширение php, поэтому браузер считает, что это расширение того, что вы скачиваете
Убедитесь, что в заголовках указано имя файла с расширением:
header('Content-Disposition: attachment; filename="file.kml"');