Tools -> Build System -> New Build System...
Откроется новый файл пользовательской сборки, который вы можете настроить. Тогда вам просто нужно сохранить его под нужным именем, перезапустить Sublime, и оно появится в списке вместе с другими.
Здесь вы можете найти параметры настройки и инструкции.
Чтобы запустить шаблон, вам нужно указать правильный путь к Boilerplate runbuildscript.bat, по умолчанию он находится в папке сборки.