Просто используйте механизм расширения сложного типа схемы XML:
<xsd:complexType name="Shape">
<xsd:sequence>
...
</xsd:sequence>
</xsd:complexType>
<xsd:complexType name="Cicrle">
<xsd:complexContent>
<xsd:extension base="geometry:Shape">
<xsd:sequence>
<xsd:element name="radius" type="double"/>
</xsd:sequence>
</xsd:extension>
</xsd:complexContent>
</xsd:complexType>
HJ3 сгенерирует круг, который будет расширять Shape, а также соответствующие сопоставления JPA, включая аннотации наследования.