Обновление - похоже, это известная проблема - вот один довольно неприятный обходной путь - http://www.jimandkatrin.com/CodeBlog/post/MVC3-in-Azure.aspx
В качестве альтернативы, просто создайте свое веб-приложение как «обычный проект», а затем добавьте его в качестве существующей роли.в ваш облачный проект.
После того, как вы это сделаете, вам нужно будет убедиться, что вы "скопировали локально" необходимые сборки mvc3 - аналогично http://datachomp.com/archives/deploy-mvc3-to-shared-hosting/
Одна возможность -убедитесь, что у вас выбран «.Net Framework 4» в вашем диалоговом окне - если вы выбрали 3,5, тогда MVC3 не будет отображаться.
Единственная другая возможность, о которой я могу подумать, это то, что это установкапроблема - MVC3 появляется, когда вы просто пытаетесь создать новое веб-приложение?(без использования Azure).