Общая процедура заключается в первом чтении файла с чем-то вроде:
with open('/path/to/file') as input_file:
for line in input_file:
# 'line' is the contents of each line (including line termination characters)
# ... the strings representing the times are obtained here ...
Расчеты с временами в микросекундах можно просто сделать с помощью
int(time1_string)-int(time0_string)
Важное значение имеет преобразование типов (оно преобразует строку символов в число, чтобы на ней можно было выполнять математические операции).