Поиск только за нужным столом будет быстрее. Это все равно, что спросить: быстрее ли искать главу X книги, или просто дать книгу, которая является только главой X.
Это, однако, неправильно. Как вы будете определять, какую таблицу запрашивать? 1000 операторов IF, или двоичное дерево операторов IF, чтобы попасть туда за 10 прыжков? Независимо от того, что вы пишете, я НЕ ожидаю, что какой-либо из них будет быстрее, чем использование индекса объединенной таблицы.
Не говоря уже о суматохе 1000 таблиц.
Существует аргумент (и время и место) для разделения данных, но это очень плохой пример.