Вы можете реализовать технику Pagelets. По сути, вы можете сделать это таким образом, как показано ниже:
index.html
Ajax -> load content from PHP script which outputs the navigation bar
Ajax -> load content from PHP script which outputs the body
И несколько разных Ajax-вызовов загружают каждую отдельную часть вашего сайта. Это имеет недостаток, заключающийся в увеличении количества HTTP-запросов, которые должен делать браузер пользователя.
Предполагается, что разные части могут быть сгенерированы отдельно от остальной части страницы. Если весь ваш контент должен быть создан одновременно, тогда этот метод бесполезен.
Это хорошее чтение (проект Facebook под названием "BigPipe"): http://www.facebook.com/note.php?note_id=389414033919