Мне не удалось закрыть порт, но после долгих поисков и испытаний я обнаружил, что является источником моих проблем. Выкладываю решение, чтобы помочь всем, у кого такая же проблема.
Windows идентифицирует устройства с постоянным потоком данных, подключенных к последовательному порту, как мышь с последовательным интерфейсом (в этой системе это была Microsoft Serial Ballpoint) и пытается установить их, принимая на себя управление портом без какого-либо процесса, использующего его. Решение состоит в том, чтобы подождать, пока Windows установит устройство (проверьте Диспетчер устройств в разделе Мыши и другие указывающие устройства), а затем ОТКЛЮЧИТЕ его. Если вы удалите устройство, оно будет установлено снова, и проблема вернулась.
Спасибо всем, кто пытался помочь, и я надеюсь, что другие найдут это решение полезным.