Если вы не знаете, какие файлы вы изменили, самое простое решение - восстановить из вашей последней резервной копии.
В противном случае сложно определить, какие разрешения и права доступа должен иметь каждый файл, иустановить их вручную.Файлы данных MySQL, например, должны принадлежать пользователю MySQL.
Я понятия не имею о Webmin - вы, как системный администратор, получите много пользы от изучения командной строки.