Во-первых, вам нужно убедиться, что у вас есть PHP CLI.Вы можете сделать это, запустив это:
$ php -v
Если вы видите какой-то вменяемый вывод, тогда доступен PHP CLI.В противном случае вам нужно будет установить его.Установка зависит от используемого вами дистрибутива.
Во-вторых, если вы хотите запускать сценарии CLI напрямую, вам нужно сделать их исполняемыми:
$ chmod +x /var/www/web/vendors/shells/aggregated_deals.php
$ chmod +x /var/www/web/vendors/shells/deals.php
В-третьих, сценарии PHP CLI не являютсясвязан с apache, и вам не нужно перезапускать его, чтобы скрипты CLI работали.