Вам лучше использовать последовательные вызовы setTimeout и рассчитывать время ожидания каждый раз. setInterval не гарантированно будет работать в указанное вами время, поэтому часы будут медленно сдвигаться. Кроме того, если пользователь не запускает его ровно в течение одной минуты, часы будут обновляться не синхронно с системными часами.
Ниже приведена измененная функция инициализации, которая будет вызывать функцию установки часов через 5 мсек после следующей целой минуты каждый раз.
function init()
{
var interval = (60 - (new Date()).getSeconds()) * 1000 + 5;
getClockTime();
setTimeout(init,interval);
}