Недостаточно памяти, потому что вы не используете класс Docx4jDriver, что делает проблему diff более доступной, если сначала выполнить diff на уровне абзаца.
Используйте его следующим образом:
Body newerBody = ((Document)newerPackage.getMainDocumentPart().getJaxbElement()).getBody();
Body olderBody = ((Document)olderPackage.getMainDocumentPart().getJaxbElement()).getBody();
// 2. Do the differencing
java.io.StringWriter sw = new java.io.StringWriter();
Docx4jDriver.diff( XmlUtils.marshaltoW3CDomDocument(newerBody).getDocumentElement(),
XmlUtils.marshaltoW3CDomDocument(olderBody).getDocumentElement(),
sw);
// 3. Get the result
String contentStr = sw.toString();
System.out.println("Result: \n\n " + contentStr);
Body newBody = (Body) org.docx4j.XmlUtils
.unmarshalString(contentStr);