Вы не можете ссылаться на переменные среды напрямую, но вы можете ссылаться на "системные свойства" Java.
Например, при запуске приложения задайте системное свойство в командной строке:
java -Dapp.data="%APPDATA%" ...
Внутри вашего файла log4j.properties укажите системное свойство, заданное вами в командной строке:
log4j.appender.A2.File=${app.data}/mylog.log