Полагаю, вы имели в виду DbgClr, а не Clt и mdbg, а не mdbug?
Visual Studio - это то, что вы пропустили, но DbgClr должен иметь ту же функциональность. http://blogs.msdn.com/andypennell/archive/2005/02/21/377621.aspx.
Вы также можете использовать windbg с SOS-расширениями для выполнения управляемой отладки из отладчика Windows. SOS также полезен при использовании VS, поскольку он позволяет вам проверять память и так далее.
Чтобы увидеть отладку MSIL на исходном уровне, попробуйте использовать ilasm с параметром / debug. В прошлый раз, когда я проверял, VS позволит вам просмотреть исходный код .il, как C # или любой другой язык.
В блогах MSDN содержится масса информации об отладке приложений .NET - я предлагаю вам продолжить поиск там.