Я реализовал HTML-элемент управления для .NET, который может делать то, что вы хотите: подробности см. http://www.modeltext.com/html.
Элемент управления может отображать HTML, включая ссылки, и не использует браузер.
Что происходит, когда пользователь нажимает на ссылку, зависит от вас: элемент управления генерирует событие, которое может обрабатываться приложением, в которое встроен элемент управления; таким образом, ваше приложение будет создавать экземпляр элемента управления, заполнять его HTML, устанавливать обработчик событий и запускать браузер, когда его обработчику будет сообщено, что пользователь нажал на ссылку.