Вы можете использовать IronPython , интерпретатор Python, созданный Microsoft, который изначально поддерживает .NET (но не способен загружать модули с собственным кодом, такие как h5py).
Вы также можете использовать Python.NET , модуль Python, обеспечивающий интерфейс для компонентов .NET.
Но есть и другие способы ...