На этот вопрос ранее уже отвечали на SO:
Почему Magento 1.4 включает файлы javascript по пути файловой системы?
Некоторые люди упоминали, что опция merge jsперейдите в Система -> Конфигурация -> Настройки разработчика -> Настройки Javascript -> Объединить файлы JavaScript (бета) и установите для него значение «Нет».
Это был не тот случай для меня.В моем случае это была ошибка прав доступа.Используйте эти команды в корне вашего сайта через SSH для сброса разрешений:
find . -type d -exec chmod 755 {} \;
find . -type f -exec chmod 644 {} \;
chmod o+w var var/.htaccess app/etc
chmod 550 pear
chmod -R o+w media
chmod 777 var/cache
Вероятно, это просто каталог js, которому нужны установленные разрешения, однако, если он испорчен, кто знает, что еще былоизменилось, поэтому я просто сбросил бы все с вышеупомянутыми chmods.