Если вы хотите заменить все «вкл.», Которые не входят в слово, вы можете попытаться также сопоставить границы слова \ b . Надеюсь, это поможет.
String abc = "on X-JP409 Confirmed on 13/2/12 on";
abc = abc.replaceAll("\\bon\\b", "");
System.out.println(abc);
или
String abc = "on X-JP409 Confirmed on 13/2/12 on";
abc = Pattern.compile("\\bon\\b").matcher(abc).replaceAll("");
replaceAll
фактически вызывает Pattern
API.