Консольные приложения являются исполняемыми сборками. Если ваш автоматизированный процесс сборки может выполнять команды оболочки, он может запустить консольное приложение. Если приложению требуется ввод, можно использовать перенаправления командной строки
Предположим, что команда принимает список файлов с новой строкой (в основном клавишей ввода), нажимаемой после ввода каждого имени файла. Затем вы можете сделать inputfile.txt так:
filename1
filename2
filename3
Затем выполните команду так:
command.exe < inputfile.txt
Для вашего автоматизированного процесса сборки я предполагаю, что вы используете Visual Studio. Поэтому отредактируйте свойства своего проекта и добавьте команду в командной строке события до или после сборки, в зависимости от того, где вам нужна функциональность.