Серьезно написанный сервис должен иметь скрипт bash, который принимает параметры start, stop и restart. Такой сценарий может быть скопирован или лучше привязан (оригинал в /etc/init.d) к /etc/rc3.d или /etc/rc5.d и будет поддерживаться системой, выполняя выключение и запуск при необходимости. Здесь есть учебник, как обернуть Apache Tomcat как сервис.