Вместо загрузки всего объекта (проблема производительности) есть лучший способ проверить, имеет ли категория атрибут include_in_menu:
$Category = Mage::getModel('catalog/category')
->getCollection()
->addFieldToFilter('parent_id', $rootCategory)
->addAttributeToFilter('is_active', 1)
->addAttributeToSelect(array('id', 'name', 'url','include_in_menu'))
->setOrder('position','ASC');
Таким образом, вы будете загружать только те атрибуты, которые необходимы для построения навигации.