Комментарии из вашего исходного кода не являются частью скомпилированных файлов классов, поэтому они не будут видны, если вы не предоставите исходные файлы Java
Вы можете создавать javadocs и включать их в свою библиотеку jar. Существует javadoc ant taks для генерации javadoc. Затем вы можете либо включить его в файл JAR, либо предоставить его отдельно. Если вы включаете javadoc в распространяемый jar, то тот, кто использует ваш jar, должен будет либо извлечь javadoc, чтобы просмотреть их, либо указать, что файл jar также содержит javadoc внутри IDE