Я не проверял ни одну из этих двух идей, но они должны работать, и это лучше, чем возиться с вашим файлом index.php.
Вы можете создать два отдельных файла index.php (по одному для каждогопапка приложения).Вызовите один myapp1.php, а другой - myapp2.php, поместите их в корневой каталог и правильно установите папку приложения в каждом из них (и переменную index.php в конфигурации).
Ваши URL-адреса будутбыть:
http://localhost/mywork/myapp1.php/welcome
http://localhost/mywork/myapp2.php/welcome
Или вы можете создать две директории с именами myapp1 и myapp2 в корневой директории, создать стандартные файлы index.php в каждой и затем указать их в нужной папке приложения (это может потребоватьсябыть относительным или может быть правильным путем к серверу).
Удачи.