Вы должны быть в состоянии сделать это, если вы установите для пространства имен Zend_Session одинаковое пространство имен в обоих приложениях. Я полагаю, что вы устанавливаете его, когда создаете его в первый раз, например:
$sess = new Zend_Session("Mynamespace");
Пока оба приложения выполняются на одном компьютере или у вас происходят межсистемные сеансы (например, memcached на нескольких машинах), они оба должны иметь возможность доступа к одним и тем же переменным сеанса.
Если вы найдете, где вы устанавливаете домен, попробуйте установить его на:
.mydomain.com
вместо
mydomain.com
Я помню некоторую странность, которая произошла с несколькими поддоменами в моей установке, и это, казалось, исправило это.
Редактировать: Я нашел, где вы устанавливаете домен для сеанса пользователя - как ни странно, он находится в Zend_Session.
Параметры конфигурации Zend_Session