Я продублировал некоторые классы и XIB, и у всех них есть это "?" рядом с их именами:
Это файлы, которые не отслеживаются вашей системой контроля версий. Если щелкнуть по ним правой кнопкой мыши, должно появиться подменю Source Control с возможностью Добавить файлы.
Это означает, что эти файлы не находятся под контролем исходного кода.
Прочтите этот документ для получения дополнительной информации: Руководство пользователя Xcode 4
Их статус контроля источника неизвестен.Скорее всего, вы создали файлы, но не добавили их в хранилище.