В Eclipse выберите «Run | Run Configurations ...». В диалоговом окне «Выполнить конфигурации» выберите целевую страницу и выберите «Вручную». Затем подключите ваш Android с включенной отладкой по USB (не важно, является ли он также дисководом).
Теперь, когда вы нажмете кнопку «Выполнить», появится диалоговое окно «Выбор устройства Android» с вашим выбором Android. Если эмулятор работает, он также будет выбором.
Если ваш аппаратный Android не появляется, значит, у вас отсутствуют драйверы USB. Вы должны получить их от конкретного производителя.
Я не вижу способа сделать аппаратный Android выбором по умолчанию, что раздражает.