Проблема заключается в том, что файлы phtml по умолчанию открываются в редакторе php, и у них нет подсветки javascript.
Вы можете открыть файл phtml в редакторе html или даже в редакторе javascript- щелкните файл в навигаторе в eclipse, выберите «открыть с помощью», а затем тип редактора, который вам нужен (очевидно, в eclipse должен быть установлен редактор html / js, но, скорее всего, он у вас будет).потеря подсветки php. Вы можете указать другой тип редактора по умолчанию в настройках (если вы действительно этого хотите).
Правильное решение, хотя не использовать javascript в ваших html (или phtml) файлах (илитолько самый минимум). Поместите его в отдельный файл .js, и подсветка синтаксиса будет отлично работать!