Взгляните на это для справки:
http://ant.apache.org/manual/Tasks/java.html
Содержит пример использования задачи Java для запуска определенного класса, например:
<target name="run">
<java classname="A">
<classpath>
<pathelement location="output"/>
<pathelement path="${java.class.path}"/>
</classpath>
</java>
</target>
Это действительно зависит от того, куда вы записываете файл из A.java. Если он находится в текущем каталоге, например:
File f = new File("./test.txt");
f.createNewFile();
тогда он выведет файл относительно того, откуда вы запустили файл сборки.
Надеюсь, это поможет.