Я подозреваю, что проблема заключается в том, что среда IDE находится в цикле, ожидая завершения сценария.
Это само по себе не является проблемой, при условии, что любые сгенерированные пользователем сообщения все еще обрабатываются, пока IDE находится в этом цикле.
Но в этом случае я подозреваю, что что-то идет не так: среда IDE просто выполняет цикл без обработки и сообщений и, следовательно, пользовательский интерфейс кажется заблокированным.
Необходимо изменить среду IDE, чтобы обрабатывать сообщения GUI во время цикла или, в качестве альтернативы, создать поток для запуска сценария. Затем поток будет работать в фоновом режиме, а графический интерфейс будет реагировать.
Например, Zeus для Windows IDE использует подход фонового потока, и у него нет этой проблемы.