К сожалению, вам все равно нужно запустить непрерывную репликацию после перезапуска сервера.
Однако я задал этот вопрос на IRC, и оказалось, что версия 1.1 CouchDB, скорее всего, будет включать специальную базу данных под названием _replicator
, в которой будут храниться параметры репликации. Таким образом, они останутся даже после перезапуска сервера.