Я нашел ответ на свой собственный вопрос:
Хотя DQL разрешает SELECT g.id, g.name
без выдачи ошибки, на самом деле это SQL, а не DQL.(Спасибо, справочное руководство по доктрине, за то, что вы так ясно понимаете это ...)
Правильный способ кодировать это:
$query = $em->createQuery("SELECT partial g.{id,name} FROM SSMURBS\Group g ORDER BY g.name ASC");
$groups = $query->iterate();
$groups_option = "";
foreach( $groups as $group ){
$group = $group[0];
$groups_option .= "<option value=\"{$group->id}\">{$group->name}</option>\n";
}