Чтобы удалить папку App_Data, сначала удалите ее из локальной файловой системы.Закройте свое решение в Visual Studio, если оно у вас открыто.Затем в Source Control Explorer вручную проверьте файл .csproj (или .vbproj и т. Д.).Откройте файл проекта в текстовом редакторе и найдите его:
<Folder Include="App_Data\" />
Удалите эту строку и сохраните и закройте файл.В Source Control Explorer верните файл обратно. При повторном открытии проекта в Visual Studio папка App_Data должна исчезнуть.