Вы можете перечислить каждый файл и проверить его расширение
NSDirectoryEnumerator* myFolderDir = [manager enumeratorAtPath:myfolder];
for (id file in myFolderDir)
{
NSLog(@" file %@",file);
if ([[file pathExtension] isEqualToString:@"YOUREXTENSION"])
{
NSString *path = [myfolder stringByAppendingPathComponent:file];
[self.Files addObject:path];
}
}