Лучший способ обойти это:
1) Удалите каталог вашего узла
$ rm -rf node
2) получить ветку 0,4
$ git clone -b v0.4 git://github.com/joyent/node.git
3) Скомпилируйте и установите его (sudo)
$ sudo su -
$ cd node
$ make clean
$ ./configure
$ make -j
$ sudo su -
# make install
4) Повторно загрузите и установите npm, это важно!
# curl http://npmjs.org/install.sh | sh
5) Выйдите из sudo, перестройте поисковый индекс и установите свой модуль
# exit
$ npm search
$ npm install mysql