Если все ваши конфигурации для phpMyAdmin верны, но проблема все еще сохраняется, это может быть связано с нехваткой места на диске. Если это так, вы можете использовать df -h для диагностики проблемы с пространством.
Мой сценарий состоял в том, что cron использовался для создания mysqldump из большой базы данных, пока не закончилось место. После удаления дампов sql phpMyAdmin вошел в систему, как и должно.
Надеюсь, это поможет.