Возможно, что все ваше рабочее пространство создается вместо одного проекта, или некоторые проекты создаются, потому что от них зависит тот, над которым вы работаете. Будет ли это так, зависит от вашего процесса сборки. (стандартный, Муравей, Мавен ...?)
Исключение нулевого указателя делает его более похожим на реальную ошибку.
Что вы можете сделать, так это открыть меню «Окно», выбрать «Настройки» и выбрать страницу «Проверка». Проверьте, что там включено, и отключите все, что, по вашему мнению, может вызвать это. Это можно сделать для конкретных проектов, поэтому лучше всего сделать это непосредственно на JAXB.