Можете ли вы использовать Entity Framework для представления EDM поверх данных, содержащихся в двоичных файлах? или данные, содержащиеся в каком-то неизвестном механизме поиска данных?
Если вы можете Написать провайдер данных Entity Framework для вашего типа файла, то вы можете использовать Entity Framework с ним.
Я, конечно, могу сказать, что это будет нелегко.