Я не знаю, почему это происходит, но решил проблему, определив UIPopoverController в .h
и установка свойства
@property(nonatomic,retain) popover;
Тогда в .м
MyViewController *mvc=[[MyViewController alloc]initWithNibName:@"MyViewController" bundle:[NSBundle mainBundle]];
UIPopoverController *mypopover=[[UIPopoverController alloc]initWithContentViewController:mvc];
self.popover=myPopover;
[self.popover presentPopoverFromRect:marker.frame inView:mapView permittedArrowDirections:UIPopoverArrowDirectionUp animated:YES];
Несмотря на то, что я использую ARC (ранее не использовал эту функцию) и нигде не выпускаю popover, я получил сообщение об ошибке типа «- [UIPopoverController dealloc] достигнуто, пока popover еще виден» ,