Это не проблема.Основная проблема с методами с одинаковыми именами в одном и том же интерфейсе заключается в том, что WSDL не поддерживает это;Вы все еще можете сделать это в WCF, изменив свойство Name контракта на операцию (как предлагается в указанной выше ссылке), но люди обычно просто определяют разные имена методов.
Если методы находятся в разных интерфейсах, дажеесли оба они реализованы одним и тем же сервисом, это не проблема, потому что при создании прокси для сервиса (с использованием Add Service Reference или svcutil) вы получите один класс клиента на контракт.