если вы используете относительную позицию, то процент будет рассчитываться из родительского элемента.
если вы используете абсолютную позицию, процент будет рассчитываться по размеру экрана.
Поэтому попробуйте использовать абсолютную позицию вместо относительной.
отредактированный ответ для комментария, просто добавьте дополнительный div с оберткой id и измените позиции, см. Пример ниже:
<html>
<head>
<style type="text/css">
body {
background: #eeeeee url('pix/bg-noether-2.jpg') no-repeat center top;
background-attachment: fixed;
overflow: hidden;
text-align: center;
}
#wrapper {
position:absolute;
width:100%;
height:100%;
}
#container {
background-color: #ffffe4;
position: relative;
margin:0 auto;
width: 776px;
height: 400px;
top: 25%;
text-align: center;
overflow: auto;
}
</style>
</head>
<body>
<div id="wrapper">
<div id="container">
bla bla bla
</div>
</div>
</body>
</html>