Легко как то. Какие-либо соображения безопасности? IIS6, IIS7? Или просто записать что-то в конфиг из того же процесса, чтобы вызвать перезапуск?
Другой способ перезапуска пула приложений без необходимости записи в файл конфигурации:
HttpRuntime.UnloadAppDomain();
HttpRuntime.UnloadAppDomain Method