Поскольку вы поместили Perl в список тегов, вот решение для Perl
perl -pe "s/(\S+\.c)\b/\L$1/g" myfile > newfile
Если вы хотите отредактировать файл на месте (и потерять оригинал)
perl -pie "s/(\S+\.c)\b/\L$1/g" myfile
Чтобы переименовать все * .c файлы в текущем каталоге, напишите
perl -e "rename $_, qq(\L$_) for glob '*.c'"
Чтобы сделать это рекурсивно через все подкаталоги, сделайте это
perl -MFile::Find -e "find sub{ rename $_, qq(\L$_) if /\.c$/i }, '.'"