Я могу быть совершенно неправ, но мне кажется, что Eclipse может не рассматривать ваши импортированные проекты TFS как проекты "Java" (Eclipse также поддерживает "простые" проекты). Когда вы смотрите на файлы * .java в иерархии пакетов ваших проектов, на их значках отображается сплошная синяя буква «J» или они «полые»?
Если первое верно, то Eclipse видит ваши проекты как проекты Java, я буду полностью сбит с толку, и вы можете проигнорировать мой ответ;)
Если последнее имеет значение true, то проект не настроен как «проект Java». Это может быть большой беспорядок, но иметь дело с одним решением в этом случае - переименовать существующие проекты во что-то другое (например, MainProjectOld, SecondProjectOld), создать новые проекты "MainProject" и "SystemProject" как новые "Java". проекты, а затем скопируйте весь исходный код из старых папок в новые. Я не знаю много о TeamFoundationServer, но я бы предположил, что на этом этапе вы можете повторно подключить ваши новые проекты с TFS и повторно принять их в качестве проектов Java.
EDIT
Суть в том, что если последнее верно, то это звучит так, как будто XML-файлы конфигурации проекта не попали в TFS, и Eclipse не понимает, как следует обращаться с проектами (обычными, Java или другими) после начальный импорт из TFS. Я видел, как это происходит в CVS и SVN, так что я предполагаю, что это довольно распространенная проблема в любой из систем контроля версий, поддерживаемых Eclipse. TFS может быть включен в эту группу.